今回はjQueryで簡単にアニメーションしてみます。

当サイトのヘッダーメニューで使用しいる背景色フェード

コードは下記の通り

$(function() {
	 $('#任意の要素名').hover(
		function(){
			$(this).stop().animate({backgroundColor: '#FF9900'},100);
		},
		function () {
			$(this).stop().animate({backgroundColor: '#000000'},300);
		}
	);
});

ただ、jQueryのアニメーションはコアファイルのみだと数値をもたないbackgroundColor等をサポートしておりません。
別途jQuery.color.jsをダウンロードして利用してください。