私は通常のブラウザとしてGoogle Chromeを利用しています。
つい先日のバージョンアップでGoogle Chrome ver32になったからか、
デュアルディスプレイでChromeを利用していると、セカンド画面でお気に入りの一覧が透過されてしまう現象に陥った。
※お気に入りが削除されている(同期が取れていない等)わけではなく、お気に入り一覧にのフォルダにマウスオーバーした後のリスト表示が透過されてしまう。

いろいろ試してみて解決したので、同じような現象が起きてしまう方は試してみてはいかがでしょうか。

Google Chromeでお気に入り一覧が透過されてしまう場合の対処法

Google Chromeの「設定」をクリック
↓
下部にある「詳細設定を表示…」をクリック
↓
システム部分の「ハードウェア アクセラレーションが使用可能な場合は使用する」のチェックを外す
↓
Google Chromeの再起動

私の環境ではこれで直りました。
GPUの悪さかでしょうか。謎は深まるばかり…。